Факультет ВМС Национального университета "Одесская морская академия" является правопреемником Академии военно-морских сил имени Нахимова, которая до апреля 2014 функционировала в Севастополе. После аннексии Крыма РФ часть профессорско-преподавательского состава и курсантов передислоцировались в Одессу. В июле 2016 года Кабинет министров Украины своим постановлением создал Институт Военно-морских сил Национального университета ”Одесская морская академия”. Согласно документу, факультет ВМС Одесской морской академии будет реорганизован в Институт ВМС этого университета.